Vi har brug for nitrogen-atomer til at opbygge protein. Vi får nitrogen-forbindelser fra føden. Koen får det fx fra græs, for den skal også opbygge protein. I havet får fiskene protein fra de mikroorganismer og alger, de spiser. Dyrets fordøjelse nedbryder madens protein til aminosyrer. Dyret danner herefter sit eget protein ud fra disse aminosyrer. Noget af det optages i kroppen (og vi spiser dyrenes proteiner, når vi fx spiser en bøf eller en fiskefilet), resten udskilles som urin og ekskrementer.

Alt det nitrogen, der indgår i levende stof, ender til sidst som urin, ekskrementer samt døde dyr og planter. Dette er alt sammen organisk stof.

Det organiske stof nedbrydes - først af store nedbrydere – senere af bakterier. De omdanner det organiske stof til ammoniak (NH₃). Husdyrgødning indeholder ammoniak og mange andre vigtige næringsstoffer for planter. Næsten al nitrogen i husdyrgødningen findes i form af ammoniak (NH₃), der kan optages direkte af planter. Resten omsættes hurtigt af nedbrydere i jorden til ammonium-ionen (NH₄⁺).