Både plantelivet og dyrelivet (flora og fauna) i en sø afhænger af de fysiske og kemiske forhold, der er i søen. Samtidig påvirker plante- og dyrelivet søens fysiske og kemiske forhold. Der er altså en gensidig påvirkning, der giver en balance i søen.

En grov opdeling af søerne i Danmark giver tre overordnede typer (der yderligere kan opdeles - se ”Søtyper i Danmark”):

-        Oligotrof sø – næringsfattig, klarvandet sø, også kaldet Lobelie-sø

-        Eutrof sø – næringsrig, klarvandet sø, også kaldet Vandaks-sø

-        Dystrof sø – brunvandet sø – ofte næringsfattig.

Den næringsfattig sø - Oligotrof

Den næringsfattige sø har et lavt indhold af kalk og næringsstoffer.  Det giver en sparsom vegetation, der har tilpasset sig forholdene med en lav pH (ofte under 5). Men planterne kan vokse på dybt vand, da vandet er klart.

Denne type søer er ikke så almindelige, da der er mange kilder til næringsforurening af søer. Under 5 % af de søer, der er omfattet af vandområdeplanerne, er oligotrofe / næringsfattige.

Bemærk at planten Lobelie er karakteristisk for denne type sø, der netop har fået tilnavnet ”Lobelie-sø”.

Næringsrig sø - Eutrof

I den klarvandede, næringsrige sø kan lyset trænge ned, så der kan vokse bundplanter på dybere vand. Det betyder at der både er rankegrøde, som fra bunden skyder lange stængler op mod overfladen og bundgrøde, hvor væksten forbliver på bunden, dog højst ned til 10 meters dybde.

Den eutrofe sø har en høj alkalinitet, det vil sige at eventuelt syretilførsel hurtigt bliver neutraliseret, så søen forbliver neutral. Planterne optager de tilgængelige næringsstoffer i løbet af vækstsæsonen. Den manglende næring betyder at der er ringe mængde planteplankton - så søen forbliver klar. Det klare vand gør at der kan foregå fotosyntese på bunden af søen og der er således en god iltproduktion.

I sådan en sø er der en god balance:

Det klare vand giver gode vækstbetingelser for planter på bunden.

Disse planter binder næringsstoffer og sikrer at der er ilt på bunden, da de laver fotosyntese.

Dette giver både færre næringsstoffer til plankton og gode muligheder for at rovfisk kan se, og dermed finde føde.

Dermed holder rovfiskene mængden af fredfisk nede.

De færre fredfisk betyder en øget mængde dyreplankton.

Den øgede mængde dyreplankton spiser al det planteplankton, der er tilgængeligt, og er dermed med til at holde mængden af planktonalger nede - og vandet klart.

I søer med store områder hvor vanddybden er større end 10 meter vil algerne være den dominerende plantegruppe.

Langt de fleste (70 %) af de søer, der er omfattet af vandområdeplanerne er eutrofe / næringsrige.

Bemærk at planten Vandaks er karakteristisk for denne type sø, der netop har fået tilnavnet ”Vandaks-sø”.

Den brunvandede sø - Dystrof

I den brunvandede sø er der ringe sigtbarhed. Det kan skyldes øget tilførsel af næringsstoffer og især humus fra den omkringliggende bevoksning. De mange humusstoffer bliver ophobet i søen, når de ikke kan blive nedbrudt.

Der vokser ingen planter på bunden af den brunvandede sø, og her ophobes organisk materiale, der ikke nedbrydes på grund af manglen på ilt.

En kalkfattig brunvandet sø kan med tiden blive til en højmose. Det er som navnet siger, en høj mose. Altså en mose (et vådt og sumpet sted, der engang har været en sø) som består af et tykt lag planterester. Højmosen kan være flere meter høj og er sidste fase i en moses udvikling.

Omkring 25 % af de søer, der er omfattet af vandområdeplanerne er dystrofe / brunvandede.