På baggrund af de fire forhold (alkalinitet, farvetal, vanddybde og salinitet) er der opstillet 16 forskellige søtyper:

Fordeling af søtyper i Danmark:

Kilde: Martin Søndergaard: http://www.vand-og-jord.dk/artikler/vj318-soetyper.pdf

Selvom det kun er 857 af vores søer, der er omtalt i vandområdeplanerne, er alle Danmarks 120.000 søer og vandhuller omfattet af regler om naturbeskyttelse.

Der er også andre forhold, der har betydning for søernes tilstand og for både artsvariationen og antallet af planter, smådyr og fisk i søen. Fx:

• Søens størrelse
• Hvor lang tid vandet opholder sig i søen
• Isolation/kontakt til andre vandområder.

Alt dette har betydning for hvilke levevilkår, der er for planterne og de forskellige smådyr og fisk i søen. Organismernes levevilkår er nemlig afhængig af faktorer som:

• Lys / sigtbarhed
• Temperaturforhold
• Strømforhold
• Tilstedeværelsen af ilt
• Næringssalte
• Eventuelt andre forhold som tilstedeværelsen af forskellige stoffer fx fra forurening.

Man kan også fortage en mere grov opdeling af de fleste danske søer i tre typer:

• Eutrof sø – næringsrig, klarvandet sø, også kaldet Vandaks-sø
• Oligotrof sø – næringsfattig, klarvandet sø, også kaldet Lobelie-sø
• Dystrof sø – brunvandet sø – ofte næringsfattig

Det er tilførslen af næringsstoffer og anden udveksling med det omkringliggende område, der har betydning for, om en sø tilhører den ene eller den anden type. Selvom der har været mange bestræbelser på at regulere tilførslen af næringsstoffer til de danske søer, bliver der stadig tilført for store mængder af især kvælstof og fosfor. Det betyder at en del af de danske søer allerede er - eller er i fare for - at tippe over fra den gode cirkel til den onde cirkel.