Der er omkring 120.000 søer (over 100 m²) i Danmark. Langt de fleste af søerne i Danmark er små - kun 2 % er over 1 ha (1 ha = 10.000 m²). Derudover er der ca. 75.000 permanente vandhuller, der er mindre end 100 m².

Mange søer er dannet under og efter istiden i områder, hvor isen i istiden efterlod store isklumper, der lå længe inden de smeltede - det kalder man et dødislandskab. Disse søer ligger i dag i Nordsjælland, på Fyn og Midt- og Østjylland. Der er også mange små menneskeskabte søer. De blev dannet fra 1800 til omkring 1950, da man gravede i den danske undergrund efter ler og kalk. På den måde efterlod man ”huller” i landskabet fra lergrave, mergelgrave og kalkgrave, der siden er omdannet til søer.

Søerne udgør kun en lille procentdel af Danmarks areal (under 2 %). Der har tidligere været mange flere søer i Danmark, men mange af de mindre søer og vandhuller er blevet tørlagt og er i dag landbrugsjord.

Søer er en vigtig naturtype i Danmark. Adgang til vand er livsvigtigt for alle levende organismer.  Søer er med til at sikre et mangfoldigt dyre- og planteliv både i og omkring søen - så vi kan bevare biodiversiteten.

I dag er både de naturlige og de menneskeskabte søer og vandhuller beskyttede, når de er på 100 m² eller derover. De tilstødende vådområder hører med til denne beskyttelse, der går ud på at der ikke må foretages ændringer i søernes tilstand. Nogle af de mindre søer er også beskyttede, hvis de fx ligger i en beskyttet naturtype, eller hvis de er en del af et naturbeskyttet vandløb.

I dag bliver der etableret nye vandhuller af hensyn til naturinteresser. Fra 1996 til 2006 er der fx kommet ca. 6000 hektar nye søer og vandhuller til. Nogle søer er genoprettet, hvor tidligere søer, har været tørlagt i en årrække. Filsø i Sydvestjylland var for mange år siden en af de største søer i Danmark, men siden 1852 har man inddæmmet, drænet og afvandet søen for at kunne bruge arealet som landbrugsjord. I 2012 startede man en genopretning af søen, der i dag har et areal på 915 hektar = 9,15 km². Og selvom den kun er ca. en tredjedel af den oprindelige størrelse, er den nu en af de 10 største søer i Danmark: