For at kunne stille mere præcise krav i vandmiljøplanerne er søerne inddelt i forskellige typer, der respekterer de forskellige søers særegenheder. Inddelingen er på 16 forskellige søtyper (se afsnit om søtyper).

Baggrunden for de 16 søtyper (16 økologiske biotoper) er fire grundlæggende faktorer, der alle har afgørende betydning for, hvilke dyr og planter der kan leve i en sø:

1.     Kalkholdighed - eller alkalinitet

Alkalinitet viser søens evne til at tage imod syre uden at opløsningen bliver mere sur.

Det er fordi carbonat-ioner (CO₃^{– –}) fra kalk/calciumcarbonat (CaCO₃) og magnesiumcarbonat (MgCO₃) binder sig til syrebrintionerne (H⁺-ioner) og dermed forhindrer at søens pH ændres.

Der er kun en vis sammenhæng mellem pH og alkalinitet. Alkalinitet har dog en indflydelse på søens pH. Af disse grafer kan det ses, at pH stiger med alkaniteten, når alkaniteten er lav, men at pH ligger meget stabilt ved højere niveauer af alkanitet:

Kilde: Miljøstyrelsen https://mst.dk/media/165856/rapport-om-danske-soetyper.pdf

Langt de største dele af Danmarks undergrund er kridt og kalk. Derfor er de fleste danske søer rige på kalk - de har let adgang til calciumcarbonat - så de har en høj alkalinitet. Alkaliteten kan dog ændre sig fra år til år og gennem en sæson.  Målingerne viser, at søer med en alkalinitet på over 0,2 meq/l har en temmelig stabil værdi.

Herfra: http://www-users.med.cornell.edu/~spon/picu/calc/cacalc.htm

2. Farvetal

Humus består af dødt organisk stof, der er mere eller mindre nedbrudt. Det er en betegnelse for de stoffer, der er tilbage efter bakterier, svampe, regnorme mm. har nedbrudt døde dyre- og planterester. Det giver jord en mørk farve. Humusstoffer i en sø giver også søvandet farve. Nogle søer kan også få en brun farve fra okker. Okker er jernforbindelser, der skader vandmiljøet, når det bliver opløst i vandet. Det kan komme fra jord, der er drænet eller afvandet - altså tidligere vådområder, eller fra gamle brunkulslejer.

Søens farvetal er et udtryk for, hvor mørk søen er. En sø med klart, svagt gulligt vand har et lavt farvetal (her illustreret med en lys øl). Jo mere humus, der er i søen, des mørkere vil vandet være (her illustreret med mørkere og mørkere øl). Søen er brunvandet, når den har et farvetal på over 60 mg Pt/l.

Kilde: Miljøstyrelsen Farvetallet angives i Pt/l - Det vil sige at søvandet sammenlignes med en opløsning af platin (Pt). De forskellige øl på illustrationen er en model af farvetallet i søer, hvor lavt farvetal vises til venstre og højt til højre. https://mst.dk/media/165854/slides-soetypologi.pdf

I en sø med et højt farvetal kan vandplanter have svært ved at få lys, derfor er der ikke så mange planter i dybden. Størstedelen af de danske søer har ikke problemer med lysets gennemtrængelighed. Størstedelen af de danske søer har et lavt farvetal og er derfor ikke-brunvandede søer.

3. Vanddybde

De fleste danske søer er ikke særlig dybe. De lokale vandområdeplaner omfatter kun ca. 15 % af de søer, der har en vanddybde på over 3 meter. 

Søens vanddybde har indflydelse på, om der bliver udviklet lagdeling i søen. I lavvandede søer er søvandet fuldt opblandet. På den måde har vandet samme farve og samme temperatur.  Året rundt har en lavvandet sø derfor ikke temperaturlagdeling (springlag). Der kan på varme dage dog godt opstå lidt forskel i temperaturen mellem top og bund i lavvandede søer, men denne forskel er ikke permanent - der vil ske en opblanding af vandet i løbet af natten, når temperaturen i luften falder.

I dybe søer opstår der lagdeling. I løbet af sommeren bliver den øverste del af søen varmet op, mens det dybe vand fortsat er køligt - og dermed tungere. Denne lagdeling holder sig i flere måneder, indtil vandet i søen om efteråret bliver blandet på grund af storme og køligere vejr.

Der opstår således et springlag mellem de to vandmængder med forskellig temperatur, hvilket betyder at udveksling af ilt eller næringsstoffer mellem de to vandmængder forhindres.

Med tilladelse fra Kilde: Aktuel Naturvidenskab https://aktuelnaturvidenskab.dk/fileadmin/Aktuel_Naturvidenskab/nr-4/AN4-2017soe-dynamik.pdf

Det betyder at der er stor forskel på hvilke planter og dyr, der lever i de lavvandede søer og i de dybe søer. Men grænsen er ikke præcis - det er ikke kun søernes dybde, men også søens størrelse og klimatiske variationer, der kan påvirke dannelsen af springlag. Det betyder at udover lavvandede søer (som aldrig eller meget sjældent lagdeles) og dybe søer (som altid lagdeles hele sommeren) er der også søer, som bliver lagdelt i perioder gennem sommeren.

I en dyb sø med meget vand vil vandet typisk opholde sig længere tid. Det giver næringsstoffer mulighed for at bundfælde sig, så der er en mindre mængde næringsstoffer her end i vandet i en lavvandet sø.

På denne måde har vanddybden i en sø stor betydning for, hvilke organismer der lever i søen.

4. Salinitet (saltholdighed)

Der er ferskvand i søer, og saltvand i havet. Men enkelte store søer langs vores kyster indeholder en blanding - det kalder man brakvand eller at de er brakke. Man kan måle hvor meget salt, der er i vandet. Det kalder man salinitet. Brakvand har en salinitet på mellem 0,05 % og 2,5 %.

14% af de store søer over 5 ha er brakke med en salinitet der er større end 0,1% - selvom saliniteten varierer i forhold til storme, nedbørsmængde og andet, der kan ændre tilførslen af enten ferskvand eller saltvand til søen.

Saliniteten har stor indflydelse på hvilke arter, der lever i søerne. Både undervandsplanter, planteplankton, smådyr og fisk, der normalt lever i søerne, kan ikke leve, når blot saliniteten kommer op på omkring 1 ‰. Især planterne er afhængige af saliniteten, mens fisk kan tåle lidt mere salt, så der sker en mere jævn nedgang i artsantallet ved øget salinitet – også selvom det er få promille.

Kilde: Miljøstyrelsen.

Af diagrammet fremgår det, at de fleste vandlevende organismer foretrækker enten ferskvand eller saltvand. Det betyder, at antallet af arter er mindst ved en middelhøj salinitet ved 5-7 ‰.

Måling af saliniteten kan foretages enten direkte ved at måle mængden af opløst salt (primært NaCl) eller indirekte ved at måle vandets ledningsevne, der afhænger af antallet af opløste ioner i vandet (igen primært fra NaCl). Jo flere ioner, jo bedre kan strømmen blive ledt - dvs. jo større ledningsevne har vandet.

Kilde: Miljøstyrelsen https://mst.dk/media/165856/rapport-om-danske-soetyper.pdf