Enzymer er ikke levende, men derfor kan de godt ødelægges. Når et æg slås ud på en varm stegepande, så stivner det. Det er fordi, æggets proteiner bliver ødelagt af varmen. På samme måde kan enzymer heller ikke tåle for høje temperaturer. Enzymer arbejder bedst ved bestemte temperaturer. Menneskets enzymer arbejder bedst ved ca. 37° C. Ved 42° C er de ødelagt. Og ved lavere temperaturer arbejder de meget langsomt.
Andre enzymer har nogle andre temperaturområder, hvor de arbejder bedst.

På Galathea 3 var brødrene Blom på jagt efter enzymer i dybhavet – ned til 4.200 meters dybde. Her er rigtig koldt, ned til – 1,5 °C og et helt andet tryk end på havoverfladen, så alene af den grund var der mulighed for at finde andre enzymer, end dem vi kender til allerede. Enzymer der er tilpasset andre forhold, og som måske kan anvendes indenfor industrien og på den måde gavne os alle. Måske kunne man finde enzymer, som virker så godt i koldt vand, at de tilsat i vaskemaskinen kan vaske tøjet rent uden at vandet varmes op. På den måde kan man spare meget energi.

Enzymer er også afhængig af en bestemt pH-værdi. De enzymer vi har vi vores mavesæk (pepsin) arbejder bedst i surt miljø. Andre arbejder bedst i neutralt miljø.

Mængden af både enzym og af det stof, der skal omdannes, har en indflydelse på hvor hurtigt processen kan ske.

Kemiske stoffer eller radioaktivitet kan også ødelægge enzymerne.