Når en bakterie har vokset og dannet det eller de stoffer, der giver den bakteriehæmmende effekt, har den samtidig dannet en masse andre metabolitter. Desuden er dyrkningssubstratet fyldt med små stoffer. Vi ville gerne fra denne meget komplexe suppe, fiske det ene stof, der var årsag til den antibiotiske virkning. Det er svært, rigtig svært.

Havbakterier skal have havsalte for at vokse – og det besværliggør alle videre kemiske analyser. Vi har dels arbejdet med at ekstrahere stofferne over i organiske solventer, dels med at frysetørre og så ekstrahere.

Vi har udviklet en screenings-teknik, der adskiller sådanne rå ekstrakter efter ladning, størrelse, hydrophobicitet – og lader os arbejde videre med en grov-oprenset fraktion. Her forsøger kemikerne så at adskille alle de mange stoffer fx ved HPLC – og mikrobiologerne tester fraktioner for biologisk aktivitet. Vi forsøger så at identificere stofferne dels ved MS-analyse – og, når vi har tilstrækkelig rent stof, ved NMR-analyse. Dette kaldes bio-assay-guided fractionation. I enkelte tilfælde gik det relativt nemt at nå frem til det stof, vi var interesseret i, men i langt de fleste tilfælde var det en lang og meget kompliceret process.