De bagvedliggende interessekonflikter i mediesamarbejdet kom ikke til offentligt udtryk før i december 2006 hvor Jyllands-Postens Anders Lund Madsen skrev en kritisk-satirisk kronik med titlen: ”Den sejlende børnefødselsdag” hvori han bl.a. revsede Ekspeditionsfonten og ekspeditionen generelt for at mangle visioner og ikke leve op til formålet om at levere spændende forskning. Kritikken blev taget op af den danske nyhedspresse, og forskere, Dansk Ekspeditionsfond og Undervisningsministeriet tog til genmæle i en række kronikker og udtalelser. Ved afslutningen af ekspeditionen i april 2007 kritiserede Jyllands-Posten igen ekspeditionen for at give forskning højere prioritet end formidling ombord.
Samtidig skrev to ledende ekspeditionsdeltagere en kronik, hvori de erklærede ekspeditionen for en forskningsmæssig succes og lagde skylden for ekspeditionens ’formidlings problem’ hos medierne.
Den offentlige debat kulminerede da Søværnet i begyndelsen af maj besluttede at offentliggøre dele af en fortrolig rapport fra Jyllands-Posten til Dansk Ekspeditionsfond, hvori avisen evaluerede samarbejdet med Ekspeditionsfonden og i skarpe vendinger kritiserede fonden for at svigte deres formidlings ansvar og overhører mediernes (Jyllands-Postens) forslag til forbedringer .
Evalueringen indeholdt også en kritik af Søværnets håndtering af køns- og alkoholkulturen ombord, og hovedparten af de efterfølgende respons fra medier og deltager fokuserede på dette tema. Generelt stillede de fleste debattører sig uforstående overfor Jyllands-Postens beskyldninger om ”Druk og Hor på ’Vædderen’” , men meget få forholdt sig til den øvrige kritik.

En del af gnidningerne mellem forskerne og journalisterne skyldes deres grundlæggende forskellige arbejdsform. Forsker arbejder generelt med lange tidshorisonter; fra et feltarbejde er påbegyndt til der ligger et videnskabeligt resultat kan der gå flere år. Et eksempel herpå er bearbejdelsen af Dana-ekspeditionen marinbiologiske undersøgelser fra dens togt til verdenshavene i 1928-30. Resultaterne blev efter hjemkomsten publiceret i de særlige Dana-reports som udkom regelmæssigt indtil 1991!

Ligeledes bliver der fortsat gjort nye opdagelser i materialet hjembragt fra Galathea 2, selvom denne ekspedition blev afsluttet for mere end halvtreds år siden. Forskernes arbejdsproces stemmer meget dårligt overens med journalisters behov for hurtige nyheder der kan nå den næste deadline. Om nyheden er god eller dårlig er ikke så vigtig for journalisten, blot det er en nyhed og blot den kan tænkes at interessere læserne. Forskere derimod er helt afhængige af gode resultater og god pressedækning – eller bliver det vanskeligt at skaffe den næste bevilling. Eller som Hakon Mielche så listeligt skriver i sin rejsebeskrivelse fra Galathea 2:
”Hvis pressen virkelig skal samarbejde med videnskaben på et togt af denne art, må reporternes krav om en forsidesensation hver dag brutalt amputeres – den fødte ”scoope”-journalist ville for længst være sprunget overbord for at sikre sit blad een sensation, og ekspeditionens videnskabsmænd ville have grædt tørre tåre, når de hev en krans af søliljer og søanemoner efter ham”.

En beskrivelse som de fleste forskere og journalister ombord på ’Vædderen’ sikkert helhjertet havde kunnet tilslutte sig…