Den 8. februar 2005 blev Dansk Ekspeditionsfond endelig etableret under Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling og fik til opgave at planlægge og gennemføre ekspeditionen samt skaffe den nødvendige finansiering. Navnet Dansk Ekspeditionsfond var valgt i erindring om den fond, med samme navn, der stod bag Galatha 2-ekspeditionen, men heri ophørte også ligheden.

Fonden blev ledet af en bestyrelse bestående af repræsentanter fra Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling, Statsministeriet, Undervisningsministeriet, Forsvarsministeriet, danske forskningsinstitutioner samt Jyllands-Posten og et tv-produktionsselskab.

Det var denne blanding af interesser, der skulle vise sig problematisk for samarbejdet.

Den første Dansk Ekspeditionsfond, oprettet i 1945, var resultatet af Dr Bruun, journalisten Hakon Mielche og Ekstrabladets redaktør Leif B. Hendil indsatsen med at stable en dansk dybhavsekspedition på benene umiddelbart efter besættelsen. Den daværende bestyrelse bestod på nær formanden Prins Axel og journalisten Hakon Mielche, af naturvidenskabsfolk og personer fra Forsvarsministeriet og flåden.

Der var yderligere tilknyttet en gruppe af konsulenter, hvoraf de fleste var akademikere og enkelte repræsentanter fra Udenrigs- og Undervisnings ministeriet. Hvor den nye Ekspeditionsfond var stærkt præget af de politiske og kommercielle medieinteresser som var flettet ind i Galathea 3’s etablering, var den gamle fond karakteriseret ved en stærk naturvidenskabelig faglighed såvel som praktisk ekspeditionserfaring. F.eks. havde medlem af fonden og ekspeditionens videnskabelige leder Dr. A.F. Bruun deltaget i Dana-ekspeditionens jordomsejling 1928-30. Dette betød, at de videnskabelige hensyn altid kom til at veje tungest i forhandlingerne.

Finansielt lignede de to ekspeditioner dog hinanden, begge var finansieret via en kombination af statslige bevillinger og midler fra private fonde og virksomheder. I Galathea 2’s tilfælde bidrog staten med tre-fjeredele af alle omkostningerne , men med Galathea 3 kunne Staten nøjes med at bidrage ca. halvdelen af pengene. De enkelte forskningsprojekter måtte til gengæld selv sikre sig midler til at gennemfører deres forskning.

Ved oprettelsen af den nye ekspeditionsfond var to af pladserne i bestyrelsen blevet besat af et par meget erfarne departementschefer: Nils Bernstein fra Statsministeriet og Leo Bjørnskov fra Videnskabsministeriet. En af de interviewede personer mente, at de to personers engagement var med til at give fonden dets momentum i den indledende fase. Desværre forlod Bjørnskov og Bernstein fonden i henholdsvis september 2005 og november 2005 pga. pension og jobskifte, og deres afgang efterlod et vakuum i bestyrelsen, som kun delvist blev udfyldt af de efterfølgende departementschefer, som begge havde nye departementer at lede .

Først i april 2005, et år efter Dansk Ekspeditionsfond var oprettet, ansatte man biolog, dr. phil. Morten Melgaard som direktør for fonden,og i løbet af de næste par måneder bliver kommandørkaptajn Jens Claus Hansen udnævnt til sekretariatschef og et egentligt sekretariat oprettet. I alt endte Sekretariatet med en stab på i alt 10 medarbejdere, dog ikke alle på fuld tid.

Man havde tidligt besluttet sig for at selve verdensomsejlingen skulle være på 8 måneder og strække sig fra efteråret 2006 til foråret 2007. Reelt stod kontoret overfor en næsten umulig opgave: På halvandet år skulle ekspeditionens forskningsprojekter udvælges, der skulle lægges en sejlplan, skaffes de nødvendige tilladelser, findes og udrustes et egnet skib, samt skaffe mere end 200 mio. kr. som skulle til for at finansiere ekspeditionen.

Der var et betydeligt pres på bestyrelsen for at holde tidsplanen, og en stemning af at hvis man måtte udskyde afgangstidspunktet ville tilslutningen til ekspeditionen forsvinde. En interviewperson sammenlignede planlægningen af ekspeditionen med at løbe 300 km i timen og så støde på en mur, hvorefter man et kort øjeblik sundede sig for derefter at fortsætte med 300 km i en anden retning. Der var ikke tid til at stoppe op og vakle, af frygt for at ekspeditionen så ville blive tabt på gulvet.

I løbet af de efterfølgende 17 måneder formåede Ekspeditionsfonden at få organiseret det nødvendige, således at ekspeditionen kunne sejle fra København den 11. august 2006. Set i lyset af den korte planlægningsfase må det siges at være en kraftpræstation at Galathea 3 overhovedet blev til noget og et resultat af det engagement, samarbejdsvilje og fleksibilitet, som blev udvist af forskere, flåden og medier.