De invasive pattedyr, der er på Galapagos, er ført dertil med mennesket. Det var pirater, der i slutningen af 1700-tallet bragte den sorte rotte til øerne. Siden er flere invasive arter kommet til: Den brune rotte, husmus, marsvin, kaniner, hunde, katte, æsler, tamgeder, heste, kvæg og svin. Det er primært de beboede øer, der er præget af de indførte dyr.

I 1959 udsatte man én han- og to hungeder på den ubeboede ø, Pinta. Da man kom til øen i 1966 kunne man observere skader på bevoksningen. Årsagen var, at der var kommet så mange geder, at de havde ædt den oprindelige bevoksning helt ned. Mellem 1971 og 1973 skød man 33.000 geder på Pinta. Den sidste ged blev skudt i år 2000. I dag er der mange flere plante og større artsrigdom på Pinta. Men Opunta-kaktussen kommer alligevel ikke rigtigt igen.

Undersøgelser viser, at en langt større andel af kaktusserne vokser op fra frø, der har været igennem en landskildpadde. Og landskildpadderne er helt væk fra Pinta. Måske kan en udsætning af landskildpadder på Pinta bringe øen tilbage til den oprindelige plantevækst.

Men Pinta-skildpadden er uddød – på nær Lonesome George, så man må eksperimentere med en anden art, hvis man vil have skildpadder på Pinta.

Gederne æder skildpaddernes mad og ødelægger deres redesteder. Gederne tramper også små opvoksende planter ned, så nogle endemiske arter får svært ved at overleve. Målet er, at der ikke skal leve geder frit på øerne. På flere øer, fx Pinta, Flores, Santiago og den nordlige del af Isabela, har man allerede udryddet de fritlevende geder. Men der er stadig et stykke vej før de oprindelige forhold kan genetableres – man ved ikke, om det overhovedet kan ske.

De øvrige store planteædere: Æsler, heste, kvæg og svin, skaber de samme problemer som gederne. Men de går ikke frit i naturen på samme måde, så problemet er ikke så voldsomt.

Rotter har invaderet landområder i hele Verden. Der bliver stadig fundet rotter på mange af de skibe, som besøger Galapagosøerne. Derfor skal man hele tiden være på vagt overfor en ny invasion af rotter på øer, hvor de er blevet udryddet.

Rotterne formerer sig meget hurtigt, for de er gode til at tilpasse sig barske vilkår. De kan spise stort set alt også fugleæg og skildpaddeæg, og de slås for at få fat i maden. Derfor kan de let udkonkurrere de lokale risrotter. Målet er helt at udrydde de invasive rotter på Galapagosøerne.

Hunde og katte er rovdyr, der er indført på Galapagos. Især katte der bevæger sig frit skaber problemer ved at være en trussel for de endemiske risrotter.