Flere af de endemiske arter på Galapagos er truet af invasive arter.

En invasiv art, er en art, der
- kommer til et geografisk område, hvor den ikke hører hjemme,
- spreder sig så voldsomt, at den udgør en trussel for det oprindelige plante- og dyreliv.

På Galapagos er brombær en invasiv art.

I løbet af de sidste 40 år er fem arter af brombær kommet til Galapagosøerne. Brombær spredes hurtigt af de mange fugle, der spiser bærrene, og dermed spreder frøene. Efterhånden danner brombærrankerne tætte bevoksninger på op til 4 m. De erstatter den oprindelige bevoksning og truer dermed mange af de sjældne endemiske planter.

Kinabarktræet er en anden indført planteart. Det kom til Galapagosøerne i 1946.
Bønderne skulle bruge træet til malaria-medicin eller for at give skygge.

Kinabarktræets frø spredes med vinden, og de små planter kan tåle skygge, når de vokser op. Derfor er træet meget konkurrencedygtigt. Der vokser nu kinabarktræer på store dele af øen Santa Cruz. Her danner det tætte bevoksninger på op til 8 meters højde, der ikke lukker noget lys ned til undergrunden. Mange steder har skove af kinabarktræer erstattet det oprindelige lave åbne krat af endemiske arter.

Myndighederne på Galapagos prøver at udrydde de invasive plantearter. På øen Santa Cruz er der projekter i gang for at udrydde både brombær og kinabarktræet. Det er et stort arbejde. Man skal finde frem til hver eneste plante og sprøjte den med plantegift. Selv når alle planterne er væk, skal man fortsat holde øje med området for at sikre sig, at der ikke ligger frø i jorden, der kan vokse op til nye planter.