Ideen til en ny Galathea-ekspedition blev udtænkt af Jyllands-Posten i marts 2000, hvor avisen så muligheden for at bruge en ekspedition som baggrund for en række klassiske oplevelsesreportager, baseret på journalisternes møde med steder og mennesker undervejs. Inspirationen til projektet fandt Jyllands-Posten i den anden Galathea-ekspedition, som ud fra et journalistisk synspunkt fandt sted i univers af eventyr og opdagelse på en baggrund af forskning og hvor forskeren blev fremstillet som en rollemodel.

I de efterfølgende år tog avisen kontakt til både forskningsmiljøer og ministerier for at etablere samarbejder, men på trods af positive tilkendegivelser var der ingen der var parate til at løfte opgaven.

Først da den offentlige debat om behovet for at styrke den naturvidenskabelige undervisning i skoler og på gymnasier tog til i begyndelsen af 2004, og i stigende grad fik politisk opmærksomhed, kom der skred i forhandlingerne. Debatten var udsprunget af en bekymring over at interessen for naturvidenskab i skolen var dalende og at det på sigt ville true rekrutteringen af naturvidenskabelige studerende på landets universiteter. Galathea 3 kunne i den sammenhæng bruges som i et mediefremstød for naturvidenskab, og da statsministeriet i løbet af marts 2004 blev involveret i projektet, kom der med deres støtte gang i projektet.