Galapagos er allermest kendt for sine kæmpe landskildpadder. Ligesom med mange andre arter på Galapagos, mener man, at skildpadderne stammer fra en enkelt forfader. I dag er der 11 arter af de store landskildpadder på Galapagos. Fem arter på den største ø - Isabela, og en art på hver af øerne: Santiago, Santa Cruz, San Cristóbal, Pinzón og Espanola. På øen Pinta lever én enkelt kæmpe landskildpadde. Lonesome George er den blevet døbt, for den er den sidste af sin art.

Se mere om Lonesome George i videoklipppet

Der har levet omkring 250.000 skildpadder på Galapagosøerne inden menneskene kom til øerne. I dag regner man med at der er omkring 20.000 skildpadder tilbage. 3 arter er allerede uddøde og Pinta-arten er også meget tæt på at uddø, selvom Lonesome George måske kan leve 100 år endnu.

Lige siden Galapagosøerne blev opdaget har hvalfangere, fiskere og nybyggere fanget og spist af kæmpeskildpadderne. Det var meget lettere for skibe at lægge til på Galapagos for at proviantere end at sejle helt ind til det Sydafrikanske fastland.

I dag er landskildpadderne på Galapagos fredet som alle andre endemiske arter. Men de er stadig truet, nu er det blot de indførte dyr, der truer skildpadderne – de spiser skildpaddernes mad.

Der er få endemiske pattedyr på Galapagos. Det har åbenbart været sværere for pattedyr at komme til øerne og at bosætte sig her. Der er beskrevet seks endemiske arter af risrotter fra Galapagos. Risrotter er ikke rotter, men de er gnavere ligesom marsvin, harer, mus og rotter. Risrotterne spiser græs, frø, frugter, krebsdyr og små fisk. En af arterne – Galapagos risrotten – er uddød. Man mener at indførte sorte og brune rotter har udkonkurreret Galapagos risrotten, og måske har de også smittet risrotterne med sygdomme.

En anden risrotte-art troede man var uddød. Men på øen Santiago fandt man i 1997 en lille gruppe af denne art. De har overlevet på øen, selvom der også lever sorte rotter her.

Udover risrotter og skildpadder er mange andre endemiske dyr på Galapagos truede: leguaner, landsnegle, søagurker, flere af Darwins finker og mange andre fugle.