Ved arkæobotaniske metoder anvender man en faglig kobling mellem arkæologiske fund og botaniske undersøgelser. Der indsamles botaniske rester fra huse og grave, fra kar og krukker, fra møddinger eller andre steder, som er under arkæologisk udforskning. Plantedelene kan bestå af frø, blade, stængler, m.m.

Ved at analysere prøverne kan man få svar på en række problemstillinger om forholdet mellem fortidens mennesker og deres brug af planter. Analysemetoderne kan dels gøres med det blotte øje, dels gøres med stereomikroskop som forstørrer 6-100 gange.

Ved Nationalmuseets Naturvidenskabelige Undersøgelser (NNU) under afdelingen for Danmarks Oldtid er det Plantemakrofossile Laboratorium vigtigt for at kunne udføre analyserne. Er der f.eks. tale om fund af frø eller andre plantedele er det vigtigt at kunne artsbestemme fundet. Det gøres som nævnt ved at se på disse i mikroskop. Men for at få en sikker sammenhæng mellem fund og nutidige eller ældre plantesorter, er det nødvendigt at kunne sammenligne resultaterne med moderne frø fra en omfangsrig komparitiv samling!

Den danske arkæobotaniske database (ARBOREG), som står for ARkæologiske BOtaniske REGistrering, indeholder et stort antal plantedele opdelt i familier og opdelt alfabetisk herunder. Ud fra denne database kan man integrere de arkæobotaniske resultater til at belyse mad-traditioner i fortiden, funktionsopdelinger i husene, landbrugsmetoder, miljøforhold, klimaforandringer og landskabsudnyttelse.

Metoden plantemakrofossil analyse er som de andre naturvidenskabelige arkæologiske undersøgelser dendrokronologi (metode til at tælle alder gennem årringe i træ) og pollenanalyse (pollen identificeres og dateres f.eks. i geologisk istidsaflejringer) værdifulde for en forståelse af menneske og miljø gennem arkæologisk tid. Flere detaljer om plantemakrofossil analyse, se http://www.nnu.dk/makro/makro1.htm

Som eksempler på arkæobotaniske fund i Danmark er hør i et lerkar nær Mariager Fjord fra jernalderen (for 2000 år siden) analyseret. Det har krævet en meget kompliceret fremstillingsproces fra dyrkning af hør til fint hørgarn og vævet klæde, så fundet afslører en høj grad af viden om behandling af planter dengang. I endnu ældre tid, i yngre stenalder (for 6000 år siden), er der fundet meget primitive kornarter (nøgen byg, Enkorn hvede og emmer hvede) til mad brug f.eks. i Sarup i Jylland. Derimod er avnklædebyg arter anvendt til øl brygning først blevet udbredt som kulturplante i yngre bronzealder (for 3000 år siden).

Brugen af planter som lægemidler er kendt fra forhistorisk tid. Der er ved Vikingeborgen Fyrkat i Jylland fundet bulmeurt i en besynderlig kvindegrav (Kong Haralds Vølve).

Selv i historisk tid har man vedlagt planter i kister. Gennem renæssancen, barok- og rokokkotiden (det 17.-18. århundrede) bl.a. i domkirkerne i Helsingør og Roskilde. Her er der typisk tale om at velduftende, aromatisk planter (f.eks. humle og rosmarin), som er lagt ned for at beskytte mod pest og andet ondt, herunder trolddom.

Nytteplanter er også blevet importeret sydfra. Der er gjort fund af ris i Sorø Kloster på Sjælland fra 1600-tallet. I middelalderen var udbredelsen af eksotiske planter for alvor ved at tage fart og diversiteten øges meget. Det er dokumenteret at 175 nytteplanter er fundet som frø i den nordlige del af Europa.

Gennem arkæologiske plantefund knyttes flere fag sammen botanik, arkæologi, etnografi og historie.