Salpeter dannes, når visse bakterier nedbryder organisk materiale som f.eks. planter, dyr, afføring, urin. Salpeter er letopløseligt i vand, så hvis nedbrydningen foregår i et fugtigt klima, vil regnen udvaske salpeteren af jorden. Naturlig salpeter forekommer i tørre egne f.eks. i det østlige Indien Bengalen og visse egne af Kina og Chile.