Når situationen blev yderligere vanskeliggjort på Galathea 3, skyldes det at forventningen til Galathea 3 har været præget af at man skulle løfte den tunge arv efter Galathea 2. På Galathea 2 var forskernes samarbejde med medierne så vidt alle husker upåklageligt, og succesen en realitet fra det øjeblik skibet lagde fra Langelinie i 1950.
De bagvedliggende interessekonflikter i mediesamarbejdet kom ikke til offentligt udtryk før i december 2006 hvor Jyllands-Postens Anders Lund Madsen skrev en kritisk-satirisk kronik med titlen: ”Den sejlende børnefødselsdag” hvori han bl.a. revsede Ekspeditionsfonten og ekspeditionen generelt for at mangle visioner og ikke leve op til formålet om at levere spændende forskning. Kritikken blev taget op af den danske nyhedspresse, og forskere, Dansk Ekspeditionsfond og Undervisningsministeriet tog til genmæle i en række kronikker og udtalelser.
Efter at de to nye departementschefer havde tiltrådt deres bestyrelsespost i Dansk Ekspeditionsfond i slutningen af 2005, begyndte bestyrelsen at fokusere meget af deres arbejde på ekspeditionens økonomi, til en hvis grad på bekostning af de faglige og formidlingsmæssige visioner. Forskningsfagligt blev udvælgelsen af forskningsprojekter overladt til Forskningsrådene og planlægningen af de formidlingsmæssige aspekter af ekspeditionen lagde man helt i hænderne på de medvirkende medier.
Som før nævnt var det Jyllands-Posten, der oprindeligt have fået ideen til at lave en ny Galathea-ekspedition, og havde brugt ressourcer på at udvikle ideen og efterfølgende havde sikret den nødvendige politiske velvilje. Derfor havde de også tidligt sikret sig de juridiske rettigheder til Galathea navnet, internetdomæne, logo osv. Ved oprettelsen af den selvejende Dansk Ekspeditionsfond var det derfor nødvendigt at overtage disse rettigheder fra Jyllands-Posten.
Den 8. februar 2005 blev Dansk Ekspeditionsfond endelig etableret under Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling og fik til opgave at planlægge og gennemføre ekspeditionen samt skaffe den nødvendige finansiering. Navnet Dansk Ekspeditionsfond var valgt i erindring om den fond, med samme navn, der stod bag Galatha 2-ekspeditionen, men heri ophørte også ligheden.
Fra begyndelsen havde Galathea 3 et tredelt formål: At lave ny dansk forskning, at give den danske befolkning indsigt i forskningsverden, og at øge interessen for naturvidenskab blandt unge. Der var altså både forskningspolitiske, uddannelsespolitiske og kommercielle interesser bag ekspeditionen som alle blev repræsenteret i Ekspeditionsfondens bestyrelse.
Ideen til en ny Galathea-ekspedition blev udtænkt af Jyllands-Posten i marts 2000, hvor avisen så muligheden for at bruge en ekspedition som baggrund for en række klassiske oplevelsesreportager, baseret på journalisternes møde med steder og mennesker undervejs. Inspirationen til projektet fandt Jyllands-Posten i den anden Galathea-ekspedition, som ud fra et journalistisk synspunkt fandt sted i univers af eventyr og opdagelse på en baggrund af forskning og hvor forskeren blev fremstillet som en rollemodel.
