En stor del af den moderne taksonomiske klassifikation er blevet til ved hjælp af den fylogenetiske metode. Når en forsker arbejder med evolution inden for en bestemt gruppe kan vedkomne ikke rejse tilbage i tiden og observere alle mellemstadierne i en organismernes udvikling. Derfor må man prøve at udlede de slægtskaber der er imellem arterne i en dyregruppe, med de begrænsede data man har til rådighed. For at systematisere disse data anvender man fylogeni. Fylogeni er studiet af det udviklingsmæssige slægtskab imellem organismer, og bunder i at man ønsker at kunne opstille et slægtskabstræ for gruppen.

De to primære datatyper man bruger til fylogenetisk arbejde er morfologisk (hvordan organismen er opbygget – deres form) og molekylært (f.eks. sekvensstykker fra DNA). I morfologisk fylogeni beslutter man sig for at definere en række karakterer og karakterstadier. Det er vigtigt at tænke meget over hvilke karakterer man vil anvende, og hvordan de skal kunne benævnes, for at man kan få mest muligt (sand) information til rådighed fra sit data. Som udgangspunkt ønsker man at data kan besvare en masse ja/nej spørgsmål om dyrene. Disse kan nemlig udtrykkes binært med 0’er og 1-taller, og det gør at man kan sætte en computer til at regne på det. Det er en langsom og møjsommelig proces at skulle udvælge karakterer og karakterstadier og så skulle undersøge alle de arter man arbejder med for at se hvordan det ser ud på dem. Du kan selv forsøge i øvelsen om skruedyrenes oprindelse her på siden.

Karakterer kan ændre sig med forskellig hastighed. Det er f.eks. mere sandsynligt at en ny katteart opstår, der har længere ører, end at der opstår en art med et ekstra sæt ben. Sådan er det også med molekylære data, der er nogle sekvensområder i DNA’et hvor der opstår flere mutationer, end i andre. Sådanne forskelle giver både problemer og muligheder. Problemerne ligger i at man skal til at ”vægte” sit data, så der lægges mere vægt på karakterer der anses for sjældent at ændre sig. Muligheden ligger i at man, specielt molekylært, kan bruge forskellige dele af DNA’et til at fortælle om forskellige perioder i organismernes fortid. Langsomt ændrende områder siger noget om hvad der skete for rigtigt lang tid siden (de basale dele af livets træ) imens de sekvenser hvor der opstår flere mutationer kan indeholde meget information på den nærmere fortid.

.