Puerto Ayora er den største by på Galapagosøerne. Den har udviklet sig fra at være en lille flække med et par hundrede indbyggere i midten af forrige århundrede til at have ca. 15.000 indbyggere i 2007.

Folketallet for Galapagosøerne opgives officielt til 20.000 hvortil der skal lægges 15.000 der opholder sig illegalt på øerne, dvs uden opholds- og arbejdstilladelse.

Denne voldsomme stigning skal ses i sammenhæng med turismen, der i de seneste 15 år er vokset med 15% pr. år, således at øerne i 2006 modtog flere end 100.000 turister!

Hovedparten af turisterne besøger de forskellige øer med turbåde, der bl.a. har base i Puerto Ayora. Den kraftige befolkningsvækst udgør en trussel mod Galapagosøernes enestående natur. Det gælder både flora og fauna. Der er politiske initiativer i værk fra den ecuadorianske regering, der skal søge at begrænse den truende udvikling.

Udviklingen har også medført at UNESCO har bekræftet denne alvorlige trussel mod Galapagosøerne, der er på listen over verdens kultur- og naturarv.

Charles Darwin Research Station ligger nord for Academy Bay og er centrum for den forskning, der foregår på Galapagosøerne. Endvidere gennemføres her opdræt af de truede arter af kæmpeskildpadder, som øerne er så berømte for. Charles Darwin
Foundation driver Charles Darwin Research Station.