De skal kunne genkende en is-overflade når de møder en krystal og derefter binde sig til isen. Vi må i dag sige, at vi ikke er rigtigt klar over, hvordan genkendelse af og binding til is-overfladen foregår. Dette problem er det vigtigste forskningsområde indenfor AFP-forskningen. Løsningen på spørgsmålet vil både fortælle os noget om struktur og mekanisme hos AFP og give os mere information om is-overfladers udseende og egenskaber.

Den fremherskende teori er for øjeblikket at AFP binder sig til iskrystallerne ved hjælp af brintbindinger. Dvs. at områder på proteinet, med svagt positivt ladet hydrogen, sidder over for ilt atomerne i isen, der er svagt negativt ladet.